La Princesse Zelda et Impa, le Capitaine de la garde d’Hyrule, observent les soldats en plein entrainement, et parmi eux se trouve une recrue jeune et talentueuse, Link. Pendant ce temps, une armée sombre avance vers Hyrule. Zelda réagit à temps et affronte l’assaut de plein fouet en libérant toute la puissance de son armée, mais l’armée d’Hyrule se trouve très vite submergée par cette nuée surnaturelle.
La guerre sévissant hors de l’enceinte du Château d’Hyrule force Link à prendre part au combat. Lors d’un terrible affrontement contre un puissant ennemi, la Triforce du Courage se réveille et sauve la vie d’Impa et de Link, qui l’a reconnu comme étant le héros d’Hyrule. Après un long affrontement, Link et les Forces d’Hyrule repoussent la menace avant de s’apercevoir que leurs ennemis se sont frayé un chemin jusqu’au Château d’Hyrule et que la princesse Zelda a disparu.
Impa et Link se préparent à la bataille et se lancent dans une quête pour retrouver Zelda aux côtés de nouveaux alliés tels que le mystérieux Sheik et la jeune sorcière connue sous le nom de Lana. Leur périple les amène à voyager dans le temps, à travers trois différentes époques d’Hyrule, chacune traversant une crise, dans lesquelles ils vont devoir s’associer avec des combattants très doués. Ils auront besoin de toute l’aide des plus grands guerriers d’Hyrule, du passé et du présent pour révéler la cause du chaos et ramener la paix sur Hyrule…