Les mouettes survolent l’immensité de l’océan, tandis qu’un fier bateau pirate fend le vent. À son bord se trouve Tetra, chef des pirates, et son équipe, ainsi qu’un jeune garçon, tout de vert vêtu, appelé Link. Un funeste jour, un roi maléfique apprit le secret de Tetra. Elle est l’héritière du Royaume d’Hyrule, la princesse Zelda. Il s’empara d’elle, mais Link, avec force, courage et sagesse, terrassa l’ennemi, devint un héros, sauva la belle en détresse.
Depuis ce jour, ils voguèrent ensemble à l’aventure, un voyage sans fin, sur les vagues de l’océan azur. Jusqu’à ce que le destin les guide vers un royaume dont les eaux étaient hantées par un terrible navire fantôme.
De l’épais brouillard, un effrayant vaisseau surgit alors, pour disparaître aussitôt une fois Tetra montée à bord. Link, tentant de la sauver, sauta, glissa, tomba à l’eau, et s’éveilla sur une île inconnue, bien loin de son bateau. Il y rencontra une fée bien décidée à lui venir en aide, Ciela, et ainsi commença sa quête pour secourir son amie Tetra.