Agahnim est un magicien au service de Ganondorf. Si on se réfère au symbole sur son torse, Agahnim serait un sheikah. On apprend que la larme se situant sous son oeil viendrait d'une trahison des Sheikahs envers la famille royale. Agahnim n'a pas cette larme sur son symbole et a cependant trahi la famille royale ; on peut donc en déduire qu'il est à l'origine du changement de symbole de la tribu Sheikah.
A Link to the Past
L'histoire raconte qu'il se fit passer pour un conseiller du roi et il lui promit de trouver un moyen d'arrêter le désastre. Bien évidemment, il avait déjà conçu ses plans à l'avance, et lorsqu'il eut assez de pouvoir, il fit des descendants des sept sages qui protégeaient Hyrule ses premières victimes. Puis il emprisonna sept jeunes filles dans des cristaux (chacun étant la récompense d'un donjon dans la seconde partie de la quête principale), y compris la Princesse Zelda. Dès la fin de la première quête, Link le vaincra au sommet de la tour du Château d'Hyrule. Ensuite, il se transformera en Ganon, son alter-ego dans le Monde des Ténèbres. Là encore, il sera vaincu par Link en haut de la pyramide du Monde des Ténèbres.
Link's Awakening
Agahnim fait une rapide apparition. Il est l'une des 6 ombres du cauchemar à combattre à la fin du jeu. La technique pour le vaincre est similaire à celle employée dans A Link to the Past.
Oracle of Seasons
Ici, Aghanim est repris pour faire office de mini-boss du Donjon du Dragon Dansant. La technique pour le battre est cependant différente de d'habitude : il faut allumer les lampes au milieu de la pièce avec des Graines de Braise afin de découvrir quel Aghanim parmi les trois présents a une ombre, et donc lequel il faut frapper. Il n'a néanmoins aucun rapport avec l'histoire du jeu, et son nom n'est pas cité.
